Helyet kapnak a tömbben lévő ellátásokat kiszolgáló diagnosztikus egységek, valamint a korábban is működő művese ellátás. A Semmelweis Egyetem rektora, Merkely Béla az integráció bejelentésekor azt közölte, hogy az intézmény egyetembe való beolvadás nem jár sem létszám-, sem illetménycsökkenéssel. Sőt, a leendő Szent Rókus Klinikai Tömb dolgozóira is érvényesek lesznek az egyetemen már a korábbiakban bevezetett, illetményemelkedéssel is járó különböző életpályamodellek, valamint a Semmelweis Egyetem Kollektív Szerződésében szereplő, a törvényben meghatározottnál magasabb ügyeleti díjak, továbbá az egyetemen érvényes béren kívüli juttatások.
Az új gyógyintézmény neve "Pesti Polgári köz Ispotály" lett, később kapta a Szent Rókus elnevezést, amikor a kórház összeépült a kápolnával 1834-ben. A Szent Rókus-kápolna, mellette a Rókus-kórház, előtérben a Maria Immaculata szobor Klösz György felvételén 1900-ban (Fotó: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet:, Klösz György. Képszám: 82379) A kápolna hajóját egyemeletes szárnyépülettel kötötték össze a főépülettel. Az egykori főbejárata a mai Rókus-plébánia copf stílusú, kőből faragott bejárata volt. A kapukeret felett ma is olvasható táblát tettek "Pestanum Calamitosorum Domicilium" (a gyámoltalan szerencsétlenek pesti menháza) felirattal. A kapu mellett ma is látható a kőfeszület. A copf stílusú kapukeret felett ma is olvasható a tábla felirata: "Pestanum Calamitosorum Domicilium" (Fotó: Both Balázs/) A kétemeletes kórház kivitelezését Kardetter Tamás vezette, Tuschl Sebestyén és Heppler Ferenc pedig a kurátor volt. A kórházban három szinten "minden osztály béli személyek számára 237 külön ágyak rendeltettek".
1857-ben a kórház hivatalosan is közkórház lett, majd 1860–1862 között a kórházi ágyak száma 678-ra emelkedett. 1898-ban, két évvel Wilhelm Conrad Röntgen találmányát követően itt nyílt meg Európa első központi röntgenlaboratóriuma Donáth Gyula, majd Stein Adolf vezetésével. A II. világháborúban a Szent Rókus-kápolnát bombatalálat érte, a kórház is súlyosan megsérült. 1947-re az épületeket restaurálták, visszaállították az ispotály építésekor emelt feszületet és a kapukeretet is, amelyből ma a plébánia bejárata nyílik. A Szent Rókus Kórház és kápolna a Gyulai Pál utcában, 1960-ban (Fotó: Fortepan/Képszám: 5067) A Rókus Kórházat 1952-ben átvette a Pest Megyei Tanács, majd a Pest Megyei Tanács Semmelweis Kórháza lett. Rendszeres orvostovábbképzés, majd szakdolgozóképzés folyt itt. 1978-tól átépítések történtek, a statikai vizsgálatok alapján az egész épületet fel kellett újítani. A Stáhly utcai, hatszintes épület 1985-ben, majd a Gyulai Pál utcai front készült el. 1990 decemberében átadták a Stáhly utcai főépülettel zárt híddal összekötött rendelőintézetet.
Ebből 100 ingyenes volt, a többiért napi 12 krajcárt kellett fizetni. A jómódúaknak 12 külön szobát tartottak fenn napi 50 krajcárért, illetve egy forintért. Az első években a felvett betegek száma 1200-2000 körül mozgott, a betegforgalom azonban az 1830-as években már meghaladta a 3000 főt. A lakosság számának növekedésével bővíteni kellett az intézményt. Az új szárnyépületet, ami a Kerepesi út (mai Rákóczi út) mellett épült 1841-ben Pollack Mihály tervezte, a kivitelező az építész fia, Pollack Ágoston volt. 1874-ben a régi Gyöngytyúk (Gyulai Pál) utcai homlokzaton új főbejáratot nyitottak. A kápolna melletti egykori díszes kaput megszüntették, helyére ablakot tettek. Flór Ferenc sebész főorvos – akit 1848-ban Pest város tiszti főorvosává és a Szent Rókus Kórház igazgatójává választottak – itt vezette be 1847-ben a dietil-éterrel és kloroformmal altatás módszerét. Fontos esemény a kórház történetében, hogy 1851-ben Semmelweis Ignác átvette a szülészeti osztály vezetését, itt is bevezette a klórvizes kézmosást, és a rendszeres takarítást, tiszta ágyneműhúzást, ezzel a gyermekágyi lázat 1 százalék alá csökkentette.
Merkely Béla biztosított mindenkit, hogy az intézmény egyetembe való beolvadás nem jár sem létszám-, sem illetménycsökkenéssel, sőt, a leendő Szent Rókus Klinikai Tömb dolgozóira is érvényesek lesznek az egyetemen már a korábbiakban bevezetett, illetményemelkedéssel is járó különböző életpályamodellek, valamint a Semmelweis Egyetem Kollektív Szerződésében szereplő, a törvényben meghatározottnál magasabb ügyeleti díjak, továbbá az egyetemen érvényes béren kívüli juttatások. Minderről a Semmelweis Egyetem vezetése a napokban személyesen is tájékoztatást tartott az érintett dolgozóknak. Továbbiak az egyetemi portálon